Τα κύρια αλλεργιογόνα το φθινόπωρο είναι γύρη, ακάρεα σκόνης, μούχλα κ.λπ.
Σε πολλές περιοχές, οι τύποι και οι ποσότητες αλλεργιογόνου γύρης αυξάνονται σταδιακά μετά την έναρξη του φθινοπώρου, εισέρχονται στην κορυφή της αλλεργίας γύρης. Επιπλέον, τα αλλεργιογόνα γύρης το φθινόπωρο είναι κυρίως γύρη ζιζανίων, η οποία έχει ισχυρότερη αλλεργιογένεια.
Οι κύριες πηγές της γύρης του φθινοπώρου περιλαμβάνουν φυτά Artemisia (όπως η Artemisia annua), τα φυτά Chenopodiaceae (όπως τα γκρίζα λαχανικά) και τα φυτά Ragweed. Μεταξύ αυτών, η γύρη των φυτών της Αρτεμισίας είναι ιδιαίτερα ενεργός το φθινόπωρο και μερικοί άνθρωποι μπορούν να βιώσουν σοβαρές αλλεργικές αντιδράσεις με μόνο μια μικρή ποσότητα γύρης της Αρτεμισίας.
Επιπλέον, η υγρασία και η θερμοκρασία στα τέλη του καλοκαιριού και στις αρχές του φθινοπώρου δημιουργούν ευνοϊκές συνθήκες για ακάρεα σκόνης και είναι επίσης πολύ κατάλληλες για την ανάπτυξη του καλουπιού. Φθινόπωρο πρωινή δροσιά ή υπολειπόμενες βροχοπτώσεις, πεσμένα φύλλα και φθορά της βλάστησης μπορούν να προωθήσουν την ανάπτυξη του καλουπιού. Όταν οι άνθρωποι έρχονται σε επαφή ή εισπνέουν σπόρια μούχλας, είναι επίσης επιρρεπείς σε αλλεργίες.
Ταυτόχρονα, μετά την πτώση της θερμοκρασίας το φθινόπωρο, ο καιρός γίνεται στεγνός και η ποσότητα μικρών σωματιδίων όπως η σκόνη στον αέρα αυξάνεται, καθιστώντας σημαντικά αλλεργιογόνα. Η μεγάλη διαφορά θερμοκρασίας μεταξύ ημέρας και νύχτας το φθινόπωρο και η διέγερση του ψυχρού αέρα στον ρινικό βλεννογόνο μπορεί να οδηγήσει σε αγγειοσυστολή και μειωμένη λειτουργία φραγμού, προκαλώντας ευαισθησία.
